JGA-SNPデータセット

概要

NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人レベルのSNPチップデータから検出したバリアントを集約した頻度データです。２次データ作成の許諾が得られたJGAデータの全てが集約対象です。 なお、Alternative allele数が5以下のバリアントは含まれていません。GRCh38のデータはCrossMapを用いてGRCh37のデータをリフトオーバして作成しています。

  • バージョン/最終更新日：2018/06/01
  • サンプルサイズ：183,884
  • 検出バリアント（代替アレル）数：1,966,919
  • 除外後バリアント数：1,249,724
  • GRCh37データをGRCh38にリフトオーバーした後のバリアント数：1,244,838

利用条件

データ利用者の権利

NBDCヒトデータ共有ガイドラインの5-2. データ利用者の権利の5-2-1. 非制限公開データに準拠します。

  1. データ利用者は、『NBDCヒトデータベース』のデータを利用した研究成果をデータ利用者の責務を遵守する限り自由に発表できる。
  2. データ利用者は、『NBDCヒトデータベース』のデータを利用した研究結果をもとにした知的財産権をデータ利用者の責務を遵守する限り自由に取得できる。

データ利用者の責務

NBDCヒトデータ共有ガイドラインの「5-3. データ利用者の責務」の「5-3-1. 非制限公開データ」を準用します。再配布に関しては、制限公開データを二次加工したデータであるため、制限公開データのルールを適用します。

  1. データ利用に際してのデータの品質・内容・科学的妥当性については、利用者の責任と判断のもとで活用すること。
  2. データ利用者は、下記の事項を遵守すること。
    • 研究利用への限定
    • 個人同定の禁止
    • 再配布の禁止
  3. 公衆利用（例：データを利用して論文等で発表する場合など）の際は以下の引用を付与してください。

    Variant dataset aggregated from SNP-chip data in NBDCヒトデータベース/JGA [Internet]. Kashiwa: Database Center for Life Science, Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems; [2018] - . JGA-SNP dataset; [cited YYYY Mmm DD]. Available from: https://grch38.togovar.org/doc/datasets/jga_snp

含まれる制限公開データセット一覧

データセットIDを指定してNBDCヒトデータベースにデータ利用申請できます。

データセットIDヒトDB研究題目対象集団サンプル数データ提供者
JGAD000123hum0014オーダーメイド医療の実現プログラム健常者及び罹患者182,557久保 充明 (BBJ)
JGAD000018hum0028オーダーメイド医療の実現プログラム健常者908久保 充明 (BBJ)
JGAD000130
JGAD000131		hum0082日本人健常者におけるゲノム全域のSNP解析健常者419徳永 勝士
合計183,884